•   产品定义

            通过二代高通量测序，可以全面地获得某一物种特定组织或者器官在某种条件下的几乎所有转录本序列信息，这已经成为了研究基因功能的一个常规工具。转录组最重要的用途就是用来找到表达差异基因（Differential Expression Genes，DEGs），如在拟南芥中，展开了不同器官和发育阶段之间的基因表达谱和差异表达基因的研究；除此之外，在人类、小鼠、玉米和酿酒酵母等多种生物中均有研究。

      文库 测序量
    二代测序 转录组文库

    6-10G

    分析内容

    几乎测定所有的转录本片段的序列，无需预先设计探针，同时鉴定多个可能受到调控的基因。

     图1 有参转录组分析流程图

    测序方案

    参考基因组需求 测序个体数
    是 ≥6

     

    产品优势

    公司拥有大量转录组项目经验，自动化分析流程极速交付。

    ①

    ②

  • 图1 基因表达量主成分分析及相关热图

         通过测序数据的比对，得到基因组上所有基因的表达量，在样本层面，进行主成分分析，并计算样本间的相关性。

          通过预设的比较组，得到组间差异表达的基因，并基于差异基因的功能，进一步做GO和KEGG富集。

    图2 差异基因火山图

    图3 差异基因富集的KEGG通路图

  • Q有参转录组测序需要多大的测序量？

            一般来说，为了保证数据分析结果的可靠性和准确性，推荐至少6G的clean data进行后续的分析，这个一般能够使得测序达到饱和。但如果目的是检测到低丰度的转录本，建议测到10G左右的clean data。

    Q转录组测序是否一定需要设定生物学重复？

            对于数据分析而言，差异基因的分析在没有生物学重复的情况下也可以进行。但在实际生物学处理和取样过程中，可能会有误差进而导致最终出现假阳性的差异基因，影响结果的可靠性，所以建议设置最少3个的生物学重复。

  •  

    1. Stark R, Grzelak M, Hadfield J. RNA sequencing: the teenage years. Nat Rev Genet . 2019;20(11):631-656. doi:10.1038/s41576-019-0150-2
    2. Emrich SJ, Barbazuk WB, Li L, Schnable PS. Gene discovery and annotation using LCM-454 transcriptome sequencing. Genome Res. 2007;17(1):69-73. doi:10.1101/gr.5145806
    3. Lister R, O'Malley RC, Tonti-Filippini J, et al. Highly integrated single-base resolution maps of the epigenome in Arabidopsis. Cell. 2008;133(3):523-536. doi:10.1016/j.cell.2008.03.029
    4. Nagalakshmi U, Wang Z, Waern K, et al. The transcriptional landscape of the yeast genome defined by RNA sequencing. Science. 2008;320(5881):1344-1349. doi:10.1126/science.1158441
    5. Mortazavi A, Williams BA, McCue K, Schaeffer L, Wold B. Mapping and quantifying mammalian transcriptomes by RNA-Seq. Nat Methods. 2008;5(7):621-628. doi:10.1038/nmeth.1226

 图3.1泛基因组的构建

 图3.2泛基因组的组成