序列处理工具：

seqkit

极速处理FASTA/Q序列文件

性别决定区域鉴定：

基于测序深度和SNP密度分析

辅助鉴定物种性别决定区域

基因组共线性分析软件：

JCVI

基于基因水平进行共线性分析

性别决定区鉴定工具：

PSASS

基于混池测序，定位性别因子
 

长染色体的bam索引创建及变异检测

两种解决方式
 

单倍型基因组组装：

Verkko基因组组装软件介绍

一键式组装单倍型基因组

线粒体组装及注释软件：MitoZ

“一键式”完成线粒体组装及注释

遗传多样性分析：

Plink

分析必备，plink软件详细应用教程

基于R包rehh检测群体间选择信号

选择信号检测小工具

相对进化速率分析工具：MEGA7/LINTRE

两款计算相对进化速率的软件教程

基于Jellyfish、GenomeScope2.0和Smudgeplot软件的基因组特征评估

基因组survey分析教程

三代线粒体组装工具：

MitoHiFi

基于PacBio HiFi reads组装线粒体基因组

基因组数据集可视化和分类划分工具：BlobTools

一款用于基因组组装的可视化、质控和分类分区的软件工具。

基因组共线性和结构变异检测软件：SyRI

一款比较两个染色体水平基因组来识别结构和序列差异的工具。

PCA分析原理详解以及实现方法

PCA最全讲解，推荐收藏。

多序列比对软件：

MAFFT

基因组QV值评估：Merqury

一款计算一致性质量值（QV），组装完整度，拷贝数分布，单倍型组装k-mer分布以及分型评估的实用软件分享。

SAM/BAM/CRAM文件处理工具：Samtools

一个功能强大且广泛应用于生物信息学领域的工具集分享。

基于WGDI的祖先核型成分推断

核型进化信息对于重建祖先核型和追踪现代物种的进化过程至关重要。

技术分享丨基因组位置坐标转换工具：transanno

通过比对两个基因组，根据比对信息，将对应信息进行位置映射，可快速得到结果。

技术分享丨个性化线性基因组可视化R包：karyoploteR

适用于所有基因组数据非环布局的可视化，能够以直观、清晰的方式展示基因组的结构和特征。

Singularity容器的使用

Singularity是一个简单、安全和快速的开源容器平台。

GenomeSyn：基因组共线性和结构变异可视化的软件工具

支持可视化两个或三个基因组序列的共线性、可以提供GFF3 格式的基因组注释以及其他附加文件。

T2T基因组组装和分析工具：quarTeT

quarTeT是T2T基因组组装和分析的集合工具，这里介绍TeloExplorer端粒鉴定和CentroMiner着丝粒预测模块。