项目文章丨中国黄兔近T2T基因组组装

 
 
 

福建黄兔（Oryctolagus cuniculus）是国家畜禽遗传资源库认定的地方特色兔品种，以其抗逆性强和药膳功能而闻名。迄今为止，已发布了多个版本的兔Oryctolagus cuniculus基因组，其中最完整的是mOryCun1.1版本（GCF_964237555.1），但由于其基因组不够完整且缺少Y染色体序列，限制了科学家们对兔特有性状分子机制的研究与进化历史的理解。

 
 
 
 

2025年11月，福建中医药大学黄镇教授团队完成了Oryctolagus cuniculus基因组的近T2T组装，其中包括其Y染色体的首次完整组装。在科学期刊Scientific Data上发表了题为“Near telomere to telomere genome assembly of Chinese yellow rabbit (Oryctolagus cuniculus)”的研究论文。万摩科技承担了本研究的测序和分析相关工作。

文章原名：Near telomere to telomere genome assembly of Chinese yellow rabbit (Oryctolagus cuniculus)

文章译名：中国黄兔近T2T基因组组装

发表时间：2025年11月

发表期刊：Scientific Data

IF：6.9

文章链接：https://www.nature.com/articles/s41597-025-06058-6

 

研究内容

（1）基因组组装与注释

作者基于184Gb（64×）的HiFi数据、56 Gb Gb（20×）的ONT超长数据与166 Gb（58×）进行了黄兔基因组的组装与挂载，最终获得了近T2T级别的高质量基因组。该基因组的大小为2.88 Gb，contig N50值达到了138 MB，且有99.80%的序列被成功挂载至23条染色体（包含21条常染色体、X染色体与Y染色体）上，值得注意的是，这代表了第一个组装的兔子Y染色体，长度为34.43 Mb。注释出了22,674个基因，BUSCO完整度达到了97.80%。同时，利用quarTeT软件对基因组进行了端粒的检测，结果显示23条染色体上均可检测到端粒序列。

图1 黄兔的基因组组装

图2 黄兔基因组端粒检测结果

 

（2）基因组进化分析

同时，该研究进行了黄兔与其他5个基因组（O. cuniculus-mOryCun1.1、Lepus europaeus、L. oiostolus、Ochotona curzoniae和O. princeps）的比较基因组分析，黄兔有22,480个（约99.14%）被聚类18,478个同源基因家族。同时将黄兔与O. cuniculus-NZW、O. cuniculus-mOryCun1.1进行了共线性分析，结果显示本基因组显著优于O. cuniculus-NZW基因组，且与O. cuniculus-mOryCun1.1基因组更为相似。

图3 黄兔与其他5个物种比较基因组分析

 

总  结

在本项研究中，研究者成功构建了福建黄兔近T2T高质量基因组，首次完成其Y染色体组装，通过比较基因组与共线性分析明确了其遗传特征，这些发现不仅加深了对家兔驯化史与遗传多样性的理解，更为福建黄兔的资源保护与分子育种提供了关键基因组支撑。

 

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