项目文章丨褐菖鲉高质量基因组组装与注释

2026年7月，浙江海洋大学团队在Scientific Data杂志在线发表了题为A chromosome-level genome assembly and annotation of the marbled rockfish (Sebastiscus marmoratus)的研究论文，该研究综合 DNBSEQ 短读长、PacBio HiFi 长读长和 Hi-C 三种数据，构建了褐菖鲉的染色体水平高质量参考基因组。基因组组装大小 810.03 Mb，contig 为 34.84 Mb，染色体挂载率达到了 99.33%，是该物种首个染色体水平组装，为平鲉科鱼类的遗传适应与进化研究提供了重要基础资源。万摩科技承担了本研究的测序和分析相关工作。

1. 基因组组装与注释

研究团队首先整合99.50 Gb的PacBio数据、14.41 Gb的Illumina 短读长及307.89 Gb的Hi-C 数据构建了褐菖鲉的高质量染色体水平参考基因组，该基因组大小为 810.03 Mb，contig N50 达 34.84  Mb，99.8% 的序列成功锚定到 24 条染色体上，并注释出 23,493 个蛋白编码基因，经 BUSCO 评估完整性达98.63%，短读长 QV值为 36.55，长读长值为 QV 65.84。

重复序列注释结果显示，重复序列占基因组的 38.25%。其中 DNA 转座子占比最高（20.40%），其次是 LINE（4.07%）、LTR（1.78%）和 SINE（0.54%）。卫星序列占 0.87%，而'unknown'类别的重复序列占 12.72%，提示褐菖鲉基因组中可能存在大量尚未被充分注释的转座元件。

转座元件的分歧度分布显示，四类 TE 都存在从低分歧（近期插入）到高分歧（古老元件）的连续分布，说明褐菖鲉基因组在不同历史时期都经历了 TE 活动。

图1 褐菖鲉高质量染色体水平基因组组装与注释

2. 共线性分析验证组装准确性

为了从跨物种比较的角度验证组装质量，研究团队用 WGDI 分析了褐菖鲉与许氏平鲉（Sebastes schlegelii）的基因组共线性，并用 JCVI 可视化。

结果显示，两个物种的染色体之间呈现高度一致的共线关系，对应区块密集且排列顺序保守。这种大规模的共线性不仅是组装准确性的有力佐证，也为后续比较基因组学研究（如基因组重排、适应性进化）提供了框架。

图2 褐菖鲉与黑鲪的共线性分析