生信工具丨基因组查询工具-GenomeSearch使用教程

 

为了快速而准确地获取基因组相关信息，万摩科技技术团队开发了免安装、可以通过网页和小程序便捷访问的基因组调研工具GenomeSearch。该工具可以基于输入的物种名称（拉丁名或常用名）提供物种分类信息、物种基因组信息、近源物种基因组信息和两款基因组相关的常用生信软件（Augustus和BUSCO）参数。

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工具访问方法

（1）微信公众号

进入“万摩科技”公众号，点击“组学工具”— “基因组调研”即可访问。

（2）微信小程序

在微信中搜索“基因组调研”小程序或扫下方小程序码进入使用。

注：由于微信小程序对于外链的限制，小程序中NCBI 链接无法打开。从公众号进入工具则无该限制。

（3）PC端访问

复制以下链接至浏览器打开即可使用：

https://www.genomedb.org.cn/taxon/homosearch

 

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工具使用说明

进入工具后会出现如下搜索页，输入拉丁文名或者常用英文名，点击搜索即可。如需要搜索家鼠基因组及其近源物种基因组，可在搜索框中输入拉丁名Mus musculus或者常用名mouse。

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搜索结果解读

以搜索 mouse 为例，共展示四部分结果。

（1）分类结果

展示了搜索物种及近源物种各个分类的名称。

（2）该物种及近源物种基因组列表

展示了查询物种及相关近源物种的基因组、基因注释和公开日期等相关信息，该信息来源于 NCBI。

 

由于部分物种不止一个基因组版本，此处展示基于基因组大小，释放日期和是否有基因注释等条件进行了过滤的结果。

 

针对同源物种，GenomeSearch根据分类学获取最近源的一个或多个物种基因组进行展示。

点击“组装数量”这一列中的数字则可查看该物种其他组装版本，以及各个基因组版本的具体统计信息（如N50等）。

在该页面，可以通过点击 GCA 号跳转 ncbi 的详情页或下载页。

（3）BUSCO 数据库选择

BUSCO（Benchmarking Universal Single-Copy Orthologs）是利用直系同源数据库 OrthoDB （最新版本为 odb10）对基因组组装的完整性进行定量评估的软件。BUSCO 抽样了数百个基因组，通过对物种中直系同源单拷贝基因占比的计算，可以评估基因组完整性。

 

GenomeSearch根据分类信息，挑选分类接近的直系同源数据库。

（4）Augustus 参数选择

Augustus 是一款重要的基于模型预测真核生物基因的生信软件，同时 BUSCO 软件本身也用到了 Augustus 进行基因预测，基于该软件参数的重要性，GenomeSearch也给出了基于分类和基于 BUSCO 默认配置的 Augustus 参数。

 

在分类相对细分的情况下，两类给出的参数是一致的；对于分类级别靠近 root 的库，可以参考修改 BUSCO 默认的 Augustus 参数。

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视频讲解

 

截至目前，GenomeSearch的查询次数已超5000次，为众多生信学者在基因组调研上提供了便利，未来万摩科技将进一步完善GenomeSearch的数据来源，也会定期更新数据资源，并开发更多实用小工具供大家使用。

TIPS

为了更方便的使用该工具，你可以：

  • 关注“万摩科技”公众号并设置星标；

  • 将“基因组调研小程序”添加至“我的小程序”；

  • 收藏GenomeSearch网址。

 

关于万摩科技

 

武汉万摩科技有限公司（下称“万摩科技”）成立于2021年，总部位于武汉软件新城，是一家以多组学数据分析和研发为技术核心的科技公司。公司专注于为科研院校、研究机构、测序公司、制药公司、农业生产及育种公司提供基因测序、数据分析、软件研发、数据库搭建和平台开发服务。

 

基于二、三代基因测序，万摩科技深耕生物信息技术的开发和应用。依托团队十多年的技术积累，万摩科技每年完成上百个物种的基因组从头构建。同时，在泛基因组构建、性状关联遗传位点定位、转基因和基因编辑插入片段检测等多个领域建立了极具优势和特色的技术与应用体系。

万摩科技亦致力于成为一家数据公司。数据是生命科学表现与解读的承载体，数据的广泛连接与深度挖掘是多组学技术应用的必经之路。万摩科技聚焦于成为这一产业发展过程中的引领者，推动多组学数据多频次多维度的解析，促进组学技术的广泛应用。

 

万摩科技秉承“专注生命科学，勇攀技术高峰”的理念，致力于“打造生命科学数据创新应用中心，力争成为生物科技转化先锋企业”的发展愿景，力图通过不断的原始创新与积累，促进生物技术的数据化转型，让生命科学更好更快的应用并服务人类社会。

 

 

 

 

 

 

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