项目文章丨腐烂茎线虫染色体水平基因组解析

 

腐烂茎线虫（Ditylenchus destructor）是一种破坏性极强的植物寄生线虫，影响超过120种植物，对全球粮食安全构成威胁。然而，目前针对腐烂茎线虫的有效病害防控策略仍然有限，这凸显了对高质量参考基因组的迫切需求，以便深入理解其致病机制。

 
 
 
 
 

2025年1月，陕西省生物农业研究所陕西省植物线虫学重点实验室在《Scientific Data》杂志在线发表了题为“Chromosome-level genome assembly of the sweet potato rot nematode Ditylenchus destructor”的研究论文，万摩科技承担了本研究的分析相关工作。

文章原名：Chromosome-level genome assembly of the sweet potato rot nematode Ditylenchus destructor

文章译名：腐烂茎线虫Ditylenchus destructor染色体水平基因组解析：为线虫防控提供基因组学基础

发表时间：2025年1月

发表期刊：Scientific Data

IF：5.80

文章链接：https://www.nature.com/articles/s41597-024-04293-x

 

 

 

研究内容

 

本研究借助Illumina测序、PacBio测序以及Hi-C辅助组装技术，并结合RNA-seq数据，成功构建了腐烂茎线虫的高质量染色体水平基因组。该基因组大小为133.86 Mb，其中129.51 Mb的序列已成功定位至4条染色体上，挂载率达到96.74%，Scaffold N50达到32.24Mb。对基因组进行注释后发现，28.14%的组装基因组由重复序列构成，在注释得到的19,165个蛋白质编码基因中，有18,444个（占96.24%）能够进行功能注释。此外，该基因组的BUSCO值为73.8%，显著高于其他已发表的植物线虫基因组。

 

本研究得到的高质量参考基因组将为深入研究Ditylenchus destructor的致病机理提供宝贵的基因组资源。

图1 红薯腐烂病及腐烂茎线虫形态

图2 测序数据统计、基因组指标统计、及不同植物寄生线虫BUSCO比较

图3 基因组Hi-C挂载情况及圈图展示

在本项研究中，研究者成功构建了Ditylenchus destructor的高质量染色体基因组。与先前发表的基因组仅停留在scaffold水平不同，本研究构建的基因组更为完整和精确，为后续研究奠定了坚实的基础。该项研究结果将有助于研究与线虫致病性相关的关键基因和通路，进而开发出更加精准和有效的控制策略，为保障粮食安全和农业的可持续发展作出贡献。

 
 
 
 
 
 

 

关于万摩科技

 

武汉万摩科技有限公司（下称“万摩科技”）成立于2021年，总部位于武汉软件新城，是一家以多组学数据分析和研发为技术核心的科技公司。公司专注于为科研院校、研究机构、测序公司、制药公司、农业生产及育种公司提供基因测序、数据分析、软件研发、数据库搭建和平台开发服务。

 

基于二、三代基因测序，万摩科技深耕生物信息技术的开发和应用。依托团队十多年的技术积累，万摩科技每年完成上百个物种的基因组从头构建。同时，在泛基因组构建、性状关联遗传位点定位、转基因和基因编辑插入片段检测等多个领域建立了极具优势和特色的技术与应用体系。

万摩科技亦致力于成为一家数据公司。数据是生命科学表现与解读的承载体，数据的广泛连接与深度挖掘是多组学技术应用的必经之路。万摩科技聚焦于成为这一产业发展过程中的引领者，推动多组学数据多频次多维度的解析，促进组学技术的广泛应用。

 

万摩科技秉承“专注生命科学，勇攀技术高峰”的理念，致力于“打造生命科学数据创新应用中心，力争成为生物科技转化先锋企业”的发展愿景，力图通过不断的原始创新与积累，促进生物技术的数据化转型，让生命科学更好更快的应用并服务人类社会。

 

 

 

 

 

 

T：027-63494989

E：service@onemore-tech.com

 

ꄴPrevious： null
ꄲNext： null