注:
①  基因组survey、Hi-C测序、二代重测序及线粒体基因组测序等均归属于二代基因组测序,其中Hi-C需先进行甲醛交联、酶切、酶连等处理后再构建测序文库。
  MGI 平台转录组为环状建库,测序策略同为PE150。

  

测序类型

组织类型

细胞数/重量/体积
三代基因组测序
新鲜培养细胞 (细胞数)
         ≥2 x 10⁷cell                  
新鲜动物组织干重
≥1g 
新鲜植物组织干重
≥1g 
全血
≥5mL
二代转录组

 

新鲜培养细胞 (细胞数)

           ≥1 x 10⁷cell                          
新鲜动物组织干重
≥500mg
新鲜植物组织干重
≥500mg
全血
≥3mL
三代转录组
新鲜培养细胞 (细胞数)
        ≥ 5 x 10⁷cell                  
新鲜动物组织干重
≥50mg
新鲜植物组织干重
≥200mg
全血(哺乳动物)
≥1mL
全血(非哺乳动物)
≥0.5mL
二代转录组测序
新鲜培养细胞 (细胞数)
        ≥2 x 10⁷cell                 

 新鲜动物组织干重

≥30mg
新鲜植物组织干重
≥100mg
全血
≥1mL

 

测序类型
平台
文库类型
样本量(Total DNA/RNA)
浓度
三代基因组测序
PacBio
Revio/Sequel II
15-20Kb HIFI
library
≥15μg
≥80ng/μl
三代基因组(T2T)测序
Nanopore
PromethION
Ultra-long
library(>60k)
≥10μg
≥150ng/μl
三代转录组测序
PacBio
Revio/Sequel II
0.5kb-6kb
library
≥3μg
≥100ng/μl
二代基因组测序
Novaseq
6000/MGI T7
350bp library
≥1μg
≥20ng/μl
二代转录组测序
Novaseq
6000/MGI T7
350bp library
≥1μg
≥50ng/μl

 

基因组de novo项目的组织样本采集补充建议(以鱼类为例)

① 推荐尽量将鱼按照不同的组织解剖,如肌肉、心脏、皮肤、血液、鳃、脾脏、肝脏、肠道、卵巢、鳔、肾、脑、眼等组织,然后分别保存于1.5ml离心管中;

 肌肉之类量比较多的组织,建议尽量多收集,按照0.5g大小一管,分别保存;

 样本命名规则推荐用“物种+组织+编号”的规则,如斑马鱼(Danio rerio)的肌肉(muscle)组织,编号为:dr-mu-1,dr-mu-2,......

植物组织的样本采集及处理方法

 

① 用于做基因组项目的植物,应尽量选取幼嫩叶片、嫩芽等组织;

 采集叶片、花、小型果实等应尽量保持样本完整性,较小创伤;枝条、皮等样本可剪成小块置于冻存管;

 用洁净的剪刀剪下所需组织,并用去离子水清洁样本表面杂质,滤纸吸干,分开置于冻存管中,并做好标记;

 迅速置于液氮中冷冻5min以上,然后转移至-80℃冰箱或液氮中长期保存;

 运送方式:将样品管用封口膜封口,再放置于50mL离心管中或封口袋中,里面添加棉花等固定(切勿在50mL管内或其他支撑物内加入液氮等危险品),使用厚度3cm以上的泡沫箱包装,10kg以上的干冰运输。

动物组织的样本采集及处理方法

① 取下新鲜组织,立即剔除结缔组织、脂肪组织和毛发等非研究所需的组织类型;

 迅速用预冷的PBS溶液或生理盐水将组织表面的残留血液与污物冲洗干净;迅速用预冷的PBS溶液或生理盐水将组织表面的残留血液与污物冲洗干净;

 如果组织体积较大,应尽量将组织切成长宽高均≤0.5cm的小块(即黄豆大小);

 将处理好的组织样本混合均匀后保存于2mL或更大体积的旋盖冻存管中;

 迅速置于液氮中冷冻1小时,然后转移至-80℃或液氮中长期保存;

⑥ 运送方式:将样品管用封口膜封口,再放置于50mL离心管中或封口袋中,里面添加棉花等固定(切勿在50mL管内或其他支撑物内加入液氮等危险品),使用厚度3cm以上的泡沫箱包装,10kg以上的干冰运输;组织量要求>

5g。