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            性状或表型指的是可以观察到的表现，在任意物种中的不同个体间，某个性状可能会有不同的表现，例如豌豆的种皮的颜色、种皮的皱与光滑等。

            表型性状由相应的基因控制，某些由一对或者少数几对基因控制，表现在表型数据上是不连续的变异，如性别的男女等这种表型性状称为质量性状；而遗传基础偏于复杂，受到多个基因控制，在表型数据上表现为连续的变异，如人的高矮、农作物的产量等这类表型性状则称之为数量性状。

            为了探究基因和性状之间的相关-因果联系，遗传学家和统计学家进行了很长时间的研究探索。性状定位分析以研究基因（标记）和表型性状之间相关性为目的，解释影响复杂性状的基因变异、定位影响表型性状差异的位点。主要手段有全基因组关联分析（GWAS）、BSA分析、PSA分析、QTL分析等。

    图1 性状定位分析方案图

    点击下方按钮即可查看对应分析说明。

  • Q怎么确定性状是质量性状还是数量性状？

            根据统计子代个体的性状分离比进行判断。质量性状子代分离比例为3：1，主效基因控制的数量性状子代分离比例接近3：1。典型的数量性状在群体中往往呈现正态分布。

    Q不同性状关联分析方法有何差异？

     

    QTL

    BSA

    PSA

    GWAS

    样本群体

    家系群体

    家系群体

    自然群体

    自然群体

    样本选取

    亲本+子代个体

    亲本/+性状分离子代个体混池

    性状分离个体

    -

    性状类型

    多个性状

    单一性状

    单一性状

    多个性状

    适用范围

    数量性状-质量性状

    质量性状或者有主效基因

    的数量性状

    质量性状或者有主效

    基因的数量性状

    数量性状-质量

    性状

    推荐样本数

    ≥100

    每个混池中个体≥30个

    每个性状≥30个

    ≥200个

    测序深度

    每个个体≥10X

    亲本≥20X，混池≥30X（与混

    池内个体数目有关）

    每个个体≥20X

    每个个体≥10X

    参考基因组

    无参亦可

    有参

    有参

    有参

    缺点

       1.某些物种群体构建困

       难、耗时长，如林木

       2.需要优先构建高质量遗

       传图谱

       3.检测QTL有限，亲本有

       差异位点

       4.受重组事件影响大

    1. 某些物种群体构建困

    难、耗时长，如林木；

    2. 亲本要求尽可能纯合

         1.群体结构导致

         假阳性

         2.样本多少导致

         假阳性

    需求样本数目多
    优点

    1. 数量性状表现优异

          极端差异性状定位效果好

       1.无需构建群体

    2.分析周期短

    1.无需构建群体

           2.可以检测多个性状